문헌 사료가 전혀 존재하지 않는 시대를 선사시대라고 한다. 선사시대, 보르네오와 수마트라섬 등지에서 원주민 네그리토(Negrito)가 필리핀으로 이주해 정착하였던 것으로 추정된다. 식민지 이전 시대에는 말레이 계통 원주민이 유입되어 생활했다. 언어의 종족으로 보았을 때 필리핀인들은 오스트로네시아 어족(남도어족)으로 분류된다.

마닐라에 있는 야얄라 뮤지엄(Ayala Museum)에 따르면 선사시대 아래와 같은 일이 있었다고 한다.

토기 만들기

기원전 6000년(추정)

금속 단조 가공작업

기원전 2500년(추정)

라이스 테라스

이푸가오족이 2천 년 전에 코르딜레라스(Cordilleras) 산맥의 해발 700m~1,500m 사이에 만든 만들기 시작했다는 계단식 논은 논두렁을 모두 이으면 그 길이가 2만㎞가 넘는다. 흔히 바나웨 라이스 테라스(Banaue Rice Terraces)라고 이름을 부르지만, 바타드, 홍두안, 방안 등 이푸가오 주(Ifugao Province) 곳곳에서 계단식 논을 볼 수 있다. 유네스코에서는 1995년 필리핀 루손섬 북쪽에 있는 코르딜레라스에 있는 계단식 논 중 다섯 구역을 유네스코 세계문화유산으로 등재했다.